1920 Yunan Sevr’inde ve 1923 Lozan Barış Anlaşması’nda azınlık üyelerinin her türlü dinî özgürlükleri güvence altına alınmış olmasına rağmen müftülük kurumundan söz edilmemiştir. Bu makam, ayrıntılı bir biçimde 1913 Atina Anlaşması ile düzenlenmiş ve 2345/1920 sayılı yasayla iç hukuka yansımıştır. Bu yasaya göre geniş yetkilerle donatılan müftüler, kendi görev çevrelerindeki Müslümanlar tarafından seçileceklerdir. Yine bu yasayla, müftüleri denetleyecek bir başmüftü görev yapacaktır. Yasaya göre, başmüftü karma usulle seçilecektir. Yunanistan’daki tüm müftüler bir araya gelip seçtikleri müftüyü Mezhepler Bakanı’na sunacaklar ve bakan tarafından seçilen kişi, Kral İradesi ile atanacaktır. Ancak bu sözü edilen başmüftü hiçbir zaman atanamamıştır.

2345/1920 sayılı yasanın, Cemaat İdare Heyetleri’ne ilişkin 12. maddesi dışında hiçbir hükmü yürürlüğe konmamıştır. Müftülerin seçimle göreve gelme hükmü de yürürlüğe konmadığından 1920’den sonra Gümülcine, İskeçe ve Dedeağaç’ta görev yapan müftüler özel birer Kral İradesi ile atanmışlardır.

Başmüftünün olmadığı Batı Trakya’da müftüler Müslüman cemaatin temsilcisi durumundadırlar. Özellikle, 1985 yılında vefat eden Gümülcine Müftüsü Hüseyin Mustafa, zamanla Batı Trakya azınlığının sosyo-politik önderi ve birlik simgesi haline gelmiştir. Vefatının ardından Yunan yetkililerinin Mısır’da eğitim görmüş bir din adamı olan ve Yunan yönetimine yakınlığı ile tanınan İmam Rüştü Ethem’i müftü vekili olarak ataması azınlığın büyük tepkisine neden olmuştur. Azınlık üyeleri, Türkiye’de eğitim görmüş ve senelerce müftülük başkatibi olarak toplumun saygısını kazanmış biri olan Hacı Halil Efendi’nin en uygun kişi olduğunu ifade etmişlerdir. Azınlığın bu istekleri, 1913 Atina Anlaşması’nın müftünün Müslüman cemaat tarafından seçilmesini öngören ilgili maddesine dayanmaktadır.

Azınlığın bu tepkisi üzerine İmam Rüştü Hoca, 5 Haziran 1985’te istifasını valiye sunmuş, ancak valilik, İmam Rüştü Hoca’nın dilekçesini reddetmiştir. Bunun üzerine İmam Rüştü, ikinci bir dilekçe yazarak görevden affını istemiştir. Yunan yönetimi uzun bir süre bekledikten sonra 16 Aralık 1985’te yine yönetime yakınlığıyla bilinen Hafız Cemali’yi Gümülcine Müftü Vekili atamış ancak azınlığın ileri gelenleri bu atamaya da karşı çıkmışlardır.

Azınlığın kendi müftüsünü seçme talebi üç temel noktaya dayanmaktadır. Bunlardan ilki, 1913 Atina Anlaşması’nın müftülerin seçimiyle ilgili maddesidir. 1913 Atina Anlaşması, o tarihte Yunanistan’a bırakılan topraklarla sınırlıdır ve Batı Trakya bu topraklara dahil değildir. Bununla birlikte, aynı anlaşmanın 3 Numaralı Protokol’ü Yunanistan’ın bütün topraklarını kapsamıştır ve bu Protokol’e göre, Yunan yetkilileri, müftülerin, azınlık üyelerinin seçimleri sonucu iş başına gelmelerini kabul etmekle yükümlüdürler.

İkinci olarak, azınlık 2345/1920 sayılı yasayı ileri sürmektedir. Bu yasa, 1913 Anlaşması’nın Yunan iç hukukuna yansımış şeklidir ve yasanın 6. maddesi ayrıntılı bir biçimde müftü seçimlerini anlatmaktadır. Bu yasanın Kral İradesi ile yürürlüğe konan tek maddesi 12. maddedir. Dolayısıyla, 1920 yılından beri müftüler hep atanarak göreve gelmişlerdir. Gerek 1920 tarihli 2345 sayılı kanunun yürürlüğe girmemiş bulunması, gerekse Batı Trakya’da müftülerin günümüze dek atanarak göreve gelmiş bulunması, azınlığın bu kanunu kendi lehinde hukuki bir dayanak olarak kullanmasını zorlaştırmaktadır. Üçüncü olarak, azınlığın önde gelenleri, İstanbul Rum Ortodoks Patriği’nin Sen Sinod Meclisi tarafından seçildiğini hatırlatmakta ve Batı Trakya müftülerinin de, karşılık ilkesine göre, seçimle iş başına gelmesi gerektiğini ileri sürmektedirler.

1980’li yıllarda azınlığın müftü seçimiyle ilgili yaşadıkları sorunlar sona ermemiş ve azınlık üyeleri, Yunan makamlarının atadıkları müftüleri kabul etmemişlerdir. Yunan makamları, 25 Aralık 1990’da çıkardıkları “Batı Trakya’da Müftülük Müessesesi ve İlahiyat Okulu Kurulmasına İlişkin Esasları Düzenleyen Kanun Hükmünde Kararname” ile 2345/1920 tarihli yasayı iptal etmiş ve Batı Trakya’da müftülük kurumunun bağlı olacağı esasları yeniden düzenlemişlerdir. 19 Ocak 1991 tarihinde toplanan Batı Trakya Azınlık Yüksek Kurulu 24 Aralık 1990 tarihli kararnameyi tanımadığını açıklamıştır. Aynı şekilde Gümülcineliler de kararnameyi tanımayacaklarını açıklayıp 28 Aralık’ta kendi müftülerini seçmişlerdir. Bu kararnamenin amacı, hem şimdiye kadar süregeldiği gibi müftü seçme konusunda yönetimi tek yetkili olarak muhafaza etmek, hem de seçilecek müftünün sonradan yönetimin iradesi dışına çıkmasını engellemektir. Bu kararname, 1913 Atina Anlaşması’nın 3 Numaralı Protokolü’ne, 1923 Lozan Barış Anlaşması’na ve Yunanistan’ın Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Konferansı çerçevesinde üstlendiği yükümlülüklere aykırı bir niteliğe sahiptir. Buna rağmen, Yunanistan, 22 Ağustos 1991’de cemaatin tanımadığı bir kişiyi İskeçe Müftüsü olarak atamıştır. 23 Ağustos Cuma günü Cuma namazından sonra, İskeçe Müslüman Türk Cemaati, toplu olarak müftülüğe yürümek istemiştir. Protesto, polis tarafından engellenmiş ve 14 saat süren bir oturma eylemine dönüşmüş, ancak bu da gece yarısı yapılan coplu bir saldırı ile sona ermiştir.

Bugün Batı Trakya’da müftülük sorunu halen çözülemeyen bir sorun olarak devam etmektedir. Yunan yönetimi, AİHM tarafından Müslümanlar lehine alınan iki karara rağmen Batı Trakya müftülerini atama yoluyla belirlemektedir. Bugün, Gümülcine ve İskeçe müftüleri Yunan yönetimi tarafından atanmaktadır. Fakat Müslüman Türk azınlık Yunan yönetimi tarafından atanan bu müftüleri hiçbir zaman tanımamıştır. Azınlık, Gümülcine’de seçmiş olduğu İbrahim Şerif’i, İskeçe’de de Mehmet Emin Ağa’yı müftü olarak kabul etmektedir. Dolayısıyla, İskeçe ve Gümülcine’de Türk azınlığın tanıdığı seçilmiş müftüler ile Yunanistan yönetiminin atadığı ve azınlığın tanımadığı atanmış müftüler aynı anda görev yapmaktadır.

Yunanistan yönetimi, “Din liderinin yetkilerini ele geçirdiği” gerekçesiyle, seçilmiş müftüler aleyhine sürekli dava açmaktadır. İskeçe’de seçilmiş müftü Mehmet Emin Ağa ve Gümülcine’de seçilmiş müftü İbrahim Şerif, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’nin kararlarına ve daha sonra Yunan mahkemelerinde normal şartlar altında “emsal dava” olarak kabul edilmesi gereken Yunan Temyiz Mahkemesi’nin kararına rağmen, çeşitli cezalar ile karşı karşıya kalmışlardır. Son 10 yıl içinde Müftü Mehmet Emin Ağa, bazen Yunanistan’ın ücra köşelerinde yapılan mahkemeler arasında mekik dokumaya zorlanmış, bu nedenle maddi zararlar, manevi baskı ve kötüleşen sağlığı nedeniyle ciddi fiziki rahatsızlıklarla ağır bir bedel ödemiştir. Uzun süren mücadelesi boyunca Müftü Ağa’ya defalarca fiziki saldırılarda bulunulmuş, kendisi dövülmüş, yaralanmış ve hapse atılmıştır. Fiziki saldırılardan sonuncusu 25 Nisan 2003 tarihinde, Cuma günü sabah namazının ardından gerçekleştirilmiştir. 1993 ila 2003 yılları arasında Mehmet Emin Ağa, azınlık toplumuna verdiği 49 beyanattan dolayı devlet tarafından açılmış 20 civarında dava ile karşı karşıya kalmıştır. Müftü temyizlerden sonra 63 ay hapse mahkum edilmiştir. Müftü Ağa, yaklaşık altı ayı hapiste geçirmiş ve ağır sağlık sorunları nedeniyle serbest bırakılmıştır. Kararlardan bazıları kefalete çevrilmiş ve AİHM kararları nedeniyle, İskeçe Müftüsü aleyhine açılan davalar tedrici olarak beraatla sonuçlanmıştır. Ancak, Yunan yönetimi, AİHM kararlarına rağmen şu ana kadar Mehmet Emin Ağa’ya tazminat vermediği gibi, yetkisini de tanımamıştır.

Öte yandan Yunan yönetimi tarafından atanmış olan Gümülcine Müftüsü Meço Cemali, İslam ülkelerindeki müftülerin atama ile iş başına geldiğini vurgulayarak uygulamanın haklı olduğunu savunmaktadır. Ancak, Cemali’nin gözden kaçırdığı nokta, birinin azınlık müftüsü olması diğerinin ise zaten nüfusunun çoğunluğu ve yöneticileri Müslüman olan bir devletin müftüsü olmasıdır. Bu iki müftünün aynı prosedür ile seçilmesi mümkün gözükmemektedir.