1878 Berlin Anlaşması’ndan Balkan Savaşları’nın sonuna kadar Batı Trakya Osmanlı yönetiminde kalmaya devam etmiştir. II. Meşrutiyet’in ilanı nedeniyle meydana gelen karışıklıkları fırsat bilen Avusturya, Bosna-Hersek’i işgal etmiş, ardından Bulgaristan da bağımsızlığını ilan etmekte gecikmemiştir. Balkan Devletleri de bir araya gelerek 17 Ekim 1912’de Osmanlı Devleti’ne savaş açmışlardır. I. Balkan Savaşı sonunda imzalanan 30 Mayıs 1913 tarihli Londra Barış Anlaşması ile Osmanlı Devleti, Midye-Enez hattının batısında kalan Trakya ve bütün Rumeli’yi Bulgaristan’a bırakmak zorunda kalmıştır.

Rumeli’nin paylaşımı konusunda anlaşmaya varamayan Balkan Devletleri, birleşerek Bulgaristan’a savaş açmışlardır. Osmanlı Devleti bu fırsatı değerlendirerek Edirne’yi geri almayı başarmıştır (25 Temmuz 1913). II. Balkan Savaşı’nın sonunda Bulgaristan ile diğer Balkan Devletleri (Romanya, Yunanistan, Sırbistan) arasında Bükreş Anlaşması, ardından Osmanlı Devleti ile diğer Balkan Devletleri arasında ikili anlaşmalar imzalanmıştır.

10 Ağustos 1913’te imzalanan Bükreş Anlaşması ile Bulgaristan, Doğu Trakya da dahil olmak üzere I. Balkan Savaşı ile kazanmış olduğu toprakların tamamına yakınını kaybetmiştir. Bunun üzerine Bulgarların, Batı Trakya’da yaşayan Türklere yönelik baskıları artmıştır. Baskılara karşı mücadele veren Batı Trakya’da bulunan yerel kuvvetler Gümülcine ve İskeçe’yi geri almış ancak hareketleri İstanbul hükümeti tarafından desteklenmemiştir. İstanbul’la bağların kopmasının ardından, 31 Ağustos 1913’te Hoca Salih Efendi’nin başkanlığında Gümülcine’de önce Garbî Trakya Hükümet-i Muvakkatesi, daha sonra da Garbî Trakya Hükümet-i Müstakilesi kurulmuştur. Ancak daha bu hükümet çalışmalarına devam ederken, İstanbul hükümeti ile Bulgaristan arasında 29 Eylül 1913’te imzalanan İstanbul Anlaşması ile Osmanlı-Bulgar sınırı, Batı Trakya’yı Bulgaristan’a bırakacak şekilde çizilmiş ve Batı Trakya hükümeti üyeleriyle görevlilerinin en geç 25 Ekim 1913’e kadar Batı Trakya’yı boşaltmaları öngörülmüş; böylece Bulgaristan, Batı Trakya’ya yerleşmiştir.