14 Kasım 1913’te Osmanlı Devleti ile Yunanistan arasında imzalanan Atina Anlaşması, Batı Trakya’da yaşayan Müslüman Türk azınlık açısından Yunanistan’a en fazla sorumluluk getiren anlaşmadır. Bu anlaşmanın 2. maddesine göre 1830 Londra Protokolü ile 1881 tarihli İstanbul Sözleşmesi’nin hükümleri yürürlükte kalmaya devam edecektir.

Anlaşmanın 11. maddesi, Batı Trakya’daki Müslüman Türk azınlık açısından oldukça önemlidir. Buna göre Yunanistan’a bırakılan topraklarda kalanların yaşam, mal, din ve gelenekleri güvence altına alınacak ve bu insanlar Yunan kökenli vatandaşlarla aynı haklara sahip olacaktır. Ayrıca, dinlerinin gereklerini de açık bir şekilde yerine getirebileceklerdir. Halife sıfatıyla Padişahın ismi de hutbelerde okunmaya devam edecektir. Müslüman toplumların yönetimi konusunda ise anlaşmada şu hükümler yer almaktadır:

• Halihazırda mevcut olan veya sonradan oluşacak olan Müslüman toplumların muhtariyetine ve hiyerarşik yapısına dokunulmayacaktır.

• Sahip oldukları gayrimenkul ve fonlara el konulmayacaktır.

• Müslümanların dinî liderleri ile aralarındaki ilişkilere müdahale edilmeyecek; bu dinî liderler, İstanbul’daki Şeyhülislamlık makamına bağlı olmaya devam edeceklerdir.

• Müftüler, Müslüman halk tarafından seçilecektir.

• Baş müftü, Yunanistan’daki bütün müftülerin seçecekleri üç aday arasından Yunan Kralı tarafından atanacaktır. Bu atamayla birlikte Osmanlı padişahı, kendisine bir belge göndererek görevlerini yerine getirmesini sağlayacaktır.

3 Numaralı Protokol

1913 Atina Anlaşması’na üç protokol eklenmiştir. Anlaşmanın 2. maddesiyle “bütün Yunanistan topraklarında” geçerli kılınan 3 Numaralı Protokol, Müslüman cemaatlerin tüzel kişiliğinin tanınması açısından büyük önem taşımaktadır. Buna göre; baş müftü ve müftüler Yunan memurlarının sorumluluk ve yetkilerine, aynı zamanda baş müftü de müftüleri mali ve dini açıdan denetleme yetkisine sahip olmaktadır. Ayrıca Müslümanlara ait özel okullar ve bunların gelirleri de Yunan yönetimi tarafından tanınmaktadır. Bu okullarda eğitimin, resmi programa uymak ve Yunanca öğretimi zorunlu olmak şartıyla Türkçe yapılması öngörülmektedir.

Yunanistan, 1981 yılında 3 Numaralı Protokol’ün Lozan Anlaşması ile kaldırıldığını iddia etmiştir. Ancak, bundan sonra Yunanistan, üzerinde Müslümanların yaşadığı başka bir toprak parçasına daha sahip çıkacak olursa, bu Protokol, o toprak parçası üzerinde de geçerli olacaktır. Çünkü 3 Numaralı Protokol’e göre anlaşma, yalnızca “Yunanistan’a bırakılan topraklar için” değil, “Yunanistan’ın bütün toprakları için” geçerli kılınmıştır.